Antes da adolescência a incidência de enxaqueca é similar entre homens e mulheres, mas após a puberdade um numero maior de mulheres passam a apresentar enxaqueca em relação aos homens.
Essa proporção é de 6 mulheres para cada homem. E parte dessa maior incidência nas mulheres se deve ao fator hormonal, em particular o hormonio estrogênio. Estudos indicam que 65% das mulheres apresentam crises de enxaqueca mais intensas e de maior duração durante a época menstrual.

A enxaqueca pode se iniciar na gravidez. Muitas mulheres passam a apresentar crises de enxaqueca no primeiro trimestre da gravidez ou imediatamente após o término da mesma. Entretanto, quase 70% das mulheres com enxaqueca melhoram, isto é, apresentam decréscimo da frequência e intensidade das crises, durante o segundo e terceiro trimestres desta fase de suas vidas.

Durante a gravidez, tratar crises de enxaqueca ou fazer a sua prevenção medicamentosa é sempre um problema. Embora haja medicamentos considerados "seguros" na gravidez, os estudos com eles são baseados em análises passadas de mulheres grávidas que os tomaram até de forma casual. Isso representa que as conclusões observadas não são totalmente confiáveis e até orientação segura em contrário, remédios de quaisquer tipos não devem ser usados durante a gravidez principalmente no primeiro trimestre. Para aquelas mulheres que apresentam crises durante a gravidez recomenda-se repouso recostado no leito, compressas geladas na cabeça e técnicas de relaxamento.Se as crises são frequentes o tratamento preventivo deve ser aventado mas sempre com estrita orientação de médico consciente e que leve em conta os riscos e a necessidade do uso da medicação.

A enxaqueca pode apresentar-se apenas na fase pré-menstrual ou durante a menstruação. Muitas mulheres têm enxaqueca durante todo o mês mas pioram nesta fase. Outras têm dor apenas neste período do mês. É comum haver crises intensas, refratárias aos medicamentos usados habitualmente e "indo e vindo" ao longo de vários dias. Deve-se tratar as crises de forma objetiva e eficaz, para que não perdurem por várias horas ou dias, e prevení-las com o uso de drogas tomadas ao longo de todo o mês ou apenas nas fases pré e durante a menstruação (naquelas que revelem dor restrita a esse período).
Muito se tem especulado a respeito do uso de pílulas anticoncepcionais e piora da dor menstrual. Isto realmente se observa com frequência. Pacientes que iniciam crises de enxaqueca após começar o uso de anovulatórios tendem a piorar da dor quando suspendem a ingestão da pílula no fim da cartela. Esta piora deve-se a queda mais acentuada de fração do hormônio estrogênio que fisiologicamente tem o seu nível sanguíneo diminuído com a proximidade da menstruação. Em certas ocasiões recomenda-se inclusive a suspensão do uso do anticoncepcional nos casos de piora acentuada da dor. Em outros, que demandam a sua utilização, recomenda-se o uso contínuo da pílula sem a interrupção no fim do ciclo menstrual para evitar a queda do nível estrogênico.

A mulher melhora da enxaqueca após a menopausa. Este conceito popular domina o imaginário de médicos e pacientes. Devido à queda da produção de estrogênio e consequentemente da variação de seu nível sanguíneo durante o mês, após a menopausa muitas mulheres com enxaqueca realmente melhoram da frequência da dor. Homens após andropausa também tendem a melhorar e não raro a enxaqueca desaparece nesta fase da vida. É importante ressaltar no entanto que embora muitas pacientes melhorem no pós menopausa, outras mantem-se com o seu padrão doloroso e outras ainda apresentam exacerbação do quadro álgico. Há estudos que indicam que :

· 62% das pessoas melhoram da dor de cabeça com a menopausa;
· 20% mantem as características da dor inalteradas e
· 18% relatam a piora da dor.

Mulheres em uso de reposição hormonal podem apresentar importante piora da enxaqueca. É comum a observação de pacientes que evoluíam muito bem em seus tratamentos para a dor de cabeça e ao iniciarem terapia de reposição hormonal, revelaram piora das crises. Isso se deve a oscilação do nível sanguíneo do estrogênio quando a reposição é interrompida ao término de cada ciclo. Frequentemente cria sofrimento e obriga a mulher a aventar a suspensão do uso de hormônios. Nesses casos é importante o diálogo entre o neurologista responsável pelo tratamento da enxaqueca e o ginecologista que conduz a terapia hormonal para que ajustes sejam feitos nos tratamentos de forma a alcançar o equilibrio da melhora obtida anteriormente.